A、针对同一待测靶基因可设计若干探针序列，这些探针序列互相之间尽可能不覆盖，或有最小覆盖

B、应避免选择细胞中含量丰富的rRNA、tRNA的互补序列或相近序列作为探针

C、探针长度一般为16～25bp，(G+C)%应在40%～60%

D、探针分子中可以存在互补序列

E、增加相近序列的参考寡核苷酸探针，提高检测信号的信噪比