从Bronsted的酸碱质子理论来说，碱是指任何分子或离子能接受质子并与之结合的物质，而接受质子后的碱则为其共轭酸。生物碱中的N原子通常具有孤对电子，能接受质子，所以是碱，显碱性。生物碱的碱性强弱取决于它吸引质子能力的大小，现多用其共轭酸的解离指数pKa值来衡量该碱的碱性强弱，即pKa值越大，生物碱的碱性越强。碱性强度与pKa值之间关系一般认为：pKa值<2为极弱碱，pKa值2～7为弱碱，pKa值7～11为中强碱，pKa值>11为强碱。化合物结构中的碱性基团与pKa值大小顺序一般是：胍基[-NH(C=NH)NH2]>季铵碱(pKa值>11)>脂肪胺基和脂氮杂环(pKa值8～11)>芳胺，芳氮杂环(pKa值3～7)>酰胺基(pKa值<2)。