游离黄酮多可溶于甲醇、乙醇、乙酸乙酯等有机溶剂，可溶于稀碱水，一般难溶于石油醚，除二氢黄酮和花色素外，游离黄酮不溶或难溶于水。其原因在于：①黄酮、黄酮醇、查耳酮等分子结构中存在交叉共轭体系，A环和B环与羰基形成一个大π键而具有共平面性，组成平面型分子结构，分子堆砌紧密，分子间吸引力大，水分子不容易进入，故难溶于水。②二氢黄酮类C2、C3位的双键被氢化还原，成为半椅式结构，破坏了分子的平面性，分子间吸引力降低，有利于水分子进入，故水溶性增加。③异黄酮结构不在同一平面上，也是非平面结构，亲水性增加。④花色素以离子状态的佯盐存在，所以水溶性大。