A、不利于测定过程动力学，存在底物限制或抑制问题，会出现底物分解阻遏效应及二次生长现象

B、最容易染菌

C、对底物类型及初始高浓度敏感的次级代谢物如一些抗生素等就不适合用分批发酵

D、养分会耗竭快，无法维持微生物继续生长和生产

E、非生产时间长，生产率较低