某些质粒带有大肠杆菌半乳糖苷酶基因片段，在半乳糖苷酶基因的基因区外又另外引入了一段含多种单一限制酶位点的DNA序列。这些位点上如没有克隆外源性DNA片段，在质粒被导入lAC-大肠杆菌后，质粒携带的半乳糖苷酶基因将正常表达，与大肠杆菌的半乳糖苷酶基因互补产生有活性的半乳糖苷酶，加入人工底物X-GAl和诱导剂IPTG后，出现蓝色菌落。如果在多克隆位点上插入外源DNA片段，将使lACZ基因活，不能生成半乳糖苷酶，结果菌落出现白色。这种颜色标志使重组克隆和非重组克隆的区分一目了然。