朱砂的主要毒性成分为可溶性汞盐，其毒性极大，可在水飞时溶于水而将其除去，但应多次加水研磨，水量应为朱砂重量的300倍以上；另一毒性成分汞因质地沉重，水飞静置时沉于底部，而作为杂质除去。故水飞朱砂可降低毒性，比于研法要好得多。