病变取材的选择：如果是患发，应从头癣病灶中仔细选择灰变的断茬或贯穿黄癣痂的头发，用拔毛镊子拔取之；或在伍氏荧光灯下取显出荧光的患发。如果是鳞屑或黄癣痂，则选新生的、未经治疗的损害边缘的鳞屑，用圆刃刀刮取。如果是水疱，可选新鲜水疱，用镊子挤破，取其疱膜检查。有甲真菌者则刮取患甲的甲屑检查。标本在分离前应先用75%乙醇处理。深部真菌的标本可根据情况取痰、尿液、粪便、脓液、口腔或阴道分泌物、血液、脑脊液、各种穿刺液和活检组织，采集标本时应注意无菌操作。所取标本可进行下述各项检查：

①直接涂片：取标本置玻层上，加1滴10%KOH溶液，盖上盖玻片，在酒精灯火上稍加热，待标本溶解，轻压盖玻片使标本透明即可镜检，直接涂片法可用于检查有无菌丝或孢子。

②墨汁涂片：方法是取一小滴墨汁与标本（如脑脊液）混合，盖上盖玻片后直接镜检。该法用于检查隐球菌及其他有荚膜的孢子。

③涂片或组织切片染色：可更好地显示真菌的形态和结构。革兰染色适用于白假丝酵母菌、孢子丝菌等；瑞氏染色适用于组织胞浆菌。组织切片通常用PAS染色，多数真菌可被染成红色。

④培养检查：可提高真菌检出率，并能确定菌种。 真菌检查阳性结果表示有真菌感染，阴性的也不能除外诊断，需进一步培养检查。