人体的腧穴很多，大体上可分为经穴、奇穴和阿是穴三类，兹分述如下：
经穴
凡归属于十二经脉与任、督二脉的腧穴，称为'十四经穴'，简称'经穴'。这些腧穴，因其分布在十四经循行路线上，所以与经脉关系密切，不仅具有主治本经病证的作用，而且能反映十四经及其所属脏腑的病证。
经穴随着人们的医疗实践，也经历了一个由少至多的过程。
《灵枢·本输》篇在五腧穴上冠以所属脏腑之名。《素问·气府论》统计腧穴数目上冠以诸经'脉气所发者'字样，说明《内经》为腧穴的分经已奠定了基础。从其经文来看，虽屡有三百六十五穴之说，但实际上其所载有穴名者仅一百六十穴左右。《甲乙》用分经分部方法详载穴名、穴位，共得三百四十九穴。《千金翼》所载与《甲乙》相同。到《铜人》、《发挥》等书时才有所增加，其穴名数达到三百五十四穴。而后《大成》已载有三百五十九穴。《逢源》一使经穴总数达到三百六十一穴。
奇穴
奇穴，是指没有归属于十四经的腧穴，因其有奇效，故称'奇穴'。又因其在十四经以外，故又称为'经外奇穴'。《灵枢·刺节真邪》称'奇输'。它是在阿是穴的基础上发展起来的，其中有明确位置，且有名称的称为'有名奇穴'；一些仅有明确位置，但尚未定名的则称为'无名奇穴'，前者占绝大多数，后者为数较少。这类腧穴的主治范围比较单纯，多数对某些病证有特殊疗效，如百劳穴治瘰疬，四缝穴治小儿疳积等。
历代文献有关奇穴的记载很多，如《千金方》载有奇穴一百八十七个之多，均散见于各类病证的治疗篇中。《奇效良方》(简称《奇效》)专列奇穴，收集了二十六穴。《大成》便专列'经外奇穴'一门，载有三十五穴。《类经图翼》(简称《图翼》)也专列'奇俞类集'一篇，载有八十四穴。《针灸集成》(简称《集成》)汇集了一百四十四穴。这说明，历代医家对奇穴是颇为重视的。
奇穴的分布虽然较为分散，有的在十四经循行路线上；有的虽不在十四经循行路线上，但却与经络系统有着密切联系；有的奇穴并不指某一个部位，是由多穴位组合而成，如十宣、八邪、八风、华佗夹脊等；有些虽名为奇穴，其实就是经穴，如胞门、子户，实际就是水道穴；四花据《针灸聚英》(简称《聚英》)指出就是胆俞、膈俞四穴；灸痨穴据《聚英》指出就是心俞二穴等。
阿是穴
就'阿'字而言，《汉书·东方朔传》颜师古注，是'痛'的意思，因其按压痛处，病人会'阿'的一声，故名为'阿是'。阿是之称见于唐代《千金方》中：'有阿是之法，言人有病痛，即令捏(掐)其上，若里(果)当其处，不问孔穴，即得便快成(或)痛处，即云阿是，灸刺皆验，故曰阿是穴也'。因其没有固定的部位，故《扁鹊神应针灸玉龙经》(简称《玉龙经》)称'不定穴'，《医学纲目》称'天应穴'。其名虽异，而其义皆同。溯本求源乃始自《内经》所言之'以痛为腧'。这类腧穴既无具体名称，也无固定部位，而是以痛处为穴，直接进行针刺或艾灸，有的往往有比较固定位置的效果显著。
《灵枢·五邪》说：'以手疾按之，快然乃刺之'。《素问·缪刺论》也说：'疾按之应手如痛，刺之'。《素问·骨空论》还说：'切之坚痛，如筋者灸之'。说明或痛、或快、或有特殊感应之处，都有阿是之意。近代又称'压痛点'、'压敏点'，但不一定是阿是穴。有的经穴或奇穴亦以压痛取穴。如《灵枢·背腧》：'肾腧在十四焦(椎)之间，皆挟脊相去三寸所，则欲得而验之，按其处，应在中而痛解，乃其腧也'。说明取经穴时，也可按压痛点取穴。又如奇穴中的阑尾穴、胆囊穴等，莫不以所在的一定部位上再以压痛，或特殊感应为准而刺之。就是说经穴或奇穴，亦可应用阿是之法取之，但应与阿是穴相区别，不能混淆。
腧穴的细分分类
1、十四经穴
十四经穴分布于十二经脉和督、任二脉的循行路线上，简称经穴，是腧穴的主体部份。十二经脉左右各有一条，故十二经脉上的腧穴都是左右对称的，一个穴名有两个穴位；任、督二脉则是单行线，故任、督二脉上的腧穴是单穴，一个穴名只有一个穴位。经穴在《内经》时计有160个穴名，到现代已发展为361个穴名，670个穴位。
经穴分布于十四经的循行路线上，故与经脉的关系密切，不仅有主治本经病症的作用，而且能反映本经及其所属脏腑的病症。
2、经外奇穴
经外奇穴，是在十四经穴之外具有固定名称、位置和主治作用的腧穴，简称奇穴。
经外奇穴分布较为分散，有的在十四经循行路线上，有些不在经脉循行路线上，但却与经络系统有密切的联系。有些奇经并不指某一部位，而由多穴位组合而成，如十宣、八风、八邪、华佗夹脊等。
经外奇穴对某些病症具有特殊的疗效，其主治作用一般比较单纯。
3、阿是穴
阿是穴，是无具体名称、无固定位置、无固定主治病症，而以病痛局部或与病痛有关的压痛点、敏感点作为腧穴。当按压某一局部时病人反映敏感，出现疼痛、酸胀，发出“啊”的声音，“啊”处即作为施术的穴位，故称阿是穴。
“痛”，在早期只指单纯的压痛感，以后“痛”的含义逐渐扩大。凡是按压触捏病体时，病人感觉有痛感、热感、酸楚、麻胀或舒适等感应处，即可作为施治的部位。
阿是穴在临床的应用十分广泛，有仅适用于痛症，对某些内部脏器的疾患也有较好的疗效。
4、特定穴
特定穴是十四经穴中具有特殊治疗作用，并以特定称号概括的腧穴，或称类穴。特定穴主治规律强，运用范围广，在临床上应用中具有重要意义。特定穴主要包括四肢部的五输穴、原穴、络穴、郄穴；头身部的脏腑俞、募穴以及交会穴等。
5、五输穴
是十二经脉各经分布于肘膝关节以下的五个重要腧穴，即井、荥、输、经、合。各经的五输穴从四肢末端起向肘膝方向依次排列，并以水流大小的不同名称命名，比喻各经脉气自四肢末端向上，象水流一样由小到大，由浅入深的特点。
五输穴的主治病症各有特点：
井穴开窍醒神，用于神识昏迷、心下烦闷，急惊气绝、人事不省；
荥穴清泄脏腑之热，用于热病，清热效好；
输穴主体节重痛，用于关节病变、软组织性疼痛，止痛效好；
经穴宣肺解表，用于寒热、喘咳、咽喉病症；
合穴主腑病，用于肠胃病及六腑的病症。
此外，六腑中的大肠、小肠、三焦，在足三阳经上各有一合穴，称为“六府下合”。由于大肠、小肠皆承受从胃腑传化而来的水谷之气，属于胃，所以它的下合穴（上巨虚、下巨虚）同在足阳阴经上；三焦水道出于膀胱，参予水液的调节，故它的下合穴列于足太阳膀胱经上。“六府下合穴”在临床上治疗腑证疗效显著，故有“荥输治外经，合治内府”之说。
6、原穴
原穴，是脏腑原气经过和留止的腧穴。十二经脉在腕、踝关节附近各有一个原穴，合为十二原穴。阴经的原穴即本经五输穴的输穴，阳经则于输穴之外另有原穴。
原，含本原、真元之义。原气来源于脐下肾间，是人体生命的本源，是维持生命活动最基本的动力。原气通过三焦输布于全身脏腑、十二经脉，其在四肢部驻留的部位就是原穴，由此可见原穴在人体的重要性。
原穴在临床上主要用于脏腑疾病的诊断和治疗。“五脏有疾，应出十二原”；“五脏有疾，当取之十二原”。当脏腑发生病变时，会在原穴表现出来，根据原穴部位出现的异常变化，可以推测判断脏腑功能的盛衰、气血盈亏的变化。临床取用原穴能使三焦通达，从而激发原气，调动体内的正气以抗御病邪，主要用来调整脏腑经络的虚实病变。
7、络穴
络穴，是络脉在本经分出部位的腧穴。十二经脉的络穴位于四肢部肘膝关节以下；任脉络发于鸠尾，督脉络发于长强，脾之大络出于大包，合称十五络穴。
络穴可以主治本络病候。十五络脉各有所主病症，凡络脉脉气发生异常的症候表现，一般均可选本络络穴治疗。
由于十二经脉的络脉分别走向与之相表里的经脉，故络穴又可治疗表里两经的病症。少数络脉还深入到内脏，如足太阴络“入络肠胃”，手少阴络“入于心中”。这种联系不仅表明该络脉与内脏在生理功能上的联系，而且还直接表明了该络穴的主治所及。
8、郄穴
郄穴，是经脉气血曲折深聚处的穴位，分布于四肢肘膝关节以下。十二经脉各有一郄穴，阴、阳桥脉及阴、阳维脉在下肢部也各有一郄穴，合为十六郄穴。
郄穴常用来治疗本经循行所过部位及所属脏腑的急性病症，阴经郄穴多用于治疗血证，阳经郄穴多用于治疗急性疼痛、气形两伤的病症。当脏腑发生病变时，亦常在相应的郄穴产生疼痛、酸胀及反应物，临床常用作诊断疾病的参考。
9、俞募穴
俞募穴，是五脏六腑之气聚集输注于胸背部特定穴。
俞穴位于背腰部，故又称“背俞穴”。背俞穴全部分布于背部足太阳膀胱经第一侧线，即后正中线旁开1.5寸，其上下排列与脏腑位置的高低基本一致。背俞穴主要依据接近某脏腑的部侠来命名，如肺俞、心俞等。
募穴位于胸腹部，故又称“腹募穴”，其位置大体与脏腑所在部位相对应。募穴不一定分布在脏腑所属经脉上，分布于任脉者为单穴，分布于其它经脉者一名二穴。俞募穴是脏腑之气所输注、结聚的部位，最能反映脏腑功能的盛衰，故可用于诊治相应脏腑的疾病。俞、募穴局部出现的各种异常反映如敏感、压痛，结节，凹陷、出血点、丘疹及温度、电阻变化等，常被用来诊察相应的脏腑病症。如肺癌患者肺俞穴常有压痛，气管炎患者膻中穴多有压痛，肾俞穴出现结节、压痛者，常可辅助诊断泌尿系统疾病。
由于阴阳经络，气相交贯，脏腑腹背，气相通应，阴病行阳，阳病行阴。因此在治疗时应从阴引阳，从阳引阴，即属于阴性的病症（脏病、寒证、虚证），可以取治位于阳分（背部）的背俞穴；属于阳性的病症（腑病，热病，实证），可以取治位于阴分（胸腹部）的募穴。